中国科学技术大学基础医学院成立于2018年，是生命科学与医学部下属四个学院之一。学院现有一支高水平的教师和科研队伍，正高级专业技术职称人员52人，其中包括中国工程院院士1人，创新群体负责人2人，国家重大人才工程入选者4人，国家高层次人才特支计划领军人才入选者4人，国家自然科学基金委杰青入选者10人，国家自然科学基金委优青入选者12人，国家海外人才引进计划青年项目入选者21人。

学院立足国内重大需求，执着攻关创新，全面参与合肥综合性国家科学中心的建设发展，牵头建设免疫应答与免疫治疗重点实验室、合肥微尺度物质科学国家研究中心分子医学研究部，作为依托单位建有中国科学院天然免疫与慢性疾病重点实验室、安徽省分子医学重点实验室、安徽省生物医药工程技术研究中心、中国科学技术大学免疫研究所等多个省部级科研机构。

学院积极承担国家级科研任务。“固有免疫识别和调控”和“天然免疫识别与重大疾病的发生发展”两个团队先后入选国家自然科学基金委员会“创新研究群体”。近五年，学院在研纵向科研项目281项，项目到款经费4.62亿元。其中，科技部国家重点研发计划各类项目及课题52项（含首席牵头项目5项）；国家基金委各类项目142项，包含基金委创新研究群体项目1项，重大项目1项，重点项目6项，国家杰出青年科学基金5项、优秀青年科学基金项目9项，国际合作交流项目4项；中科院稳定支持基础研究青年团队项目1项，中科院战略先导科技专项各类项目、课题及子课题25项。

学院科研实力雄厚，科研成果显著，在免疫学、肿瘤等研究领域取得了系列原创性研究成果。项目“炎症巨噬细胞的活化、调控和效应机制”以唯一单位获得2019年度国家自然科学二等奖，“托珠单抗+常规治疗”的方案入编《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第八版）》，并入选2020年中科院“率先行动”计划重大科技成果进展。

学院积极推进医学教学平台建设，目前分子医学教学实验室、病原生物与免疫学教学实验室、人体机能学教学实验室、医学形态学教学实验室、解剖学实验室已建成并投入使用。

学院将大力弘扬“红专并进、理实交融”的优良校风，面向人类重大疾病，以“基础、前沿、交叉”为特色，积极探索“理工医交叉融合、医教研协同创新、生命科学与医学一体化发展”的“科大新医学”创新实践，秉持协同创新的精神，积极建设发展成为国内顶尖和世界一流的基础医学教学、科研和人才培养的重要基地。