安徽省分子医学重点实验室2003年由安徽省科技厅批准建设，2004年12月通过省科技厅组织的专家组验收，多年来，在省科技厅和中国科学技术大学的指导及大力支持下，借助中国科学技术大学生命科学与医学部在基础生物学领域、安徽医科大学附院和安徽省立医院在临床医学领域等方面的优势，明确建设目标、凝练研究方向，确立分子医学为共同研究领域，进而拓展到肿瘤、肝病等我省重要疾病的基础与临床研究。

实验室的主要研究方向是天然免疫与慢性疾病机理研究。重点研究肝脏、肺脏、肠道、生殖系统等天然免疫细胞的共有免疫学特性、功能及其与重大疾病发生发展的共同规律，并发现与开发新型免疫治疗靶点、免疫治疗技术及其产品。结合我省实际情况，确立肿瘤免疫学与肿瘤生物治疗、肝脏天然免疫与肝脏疾病以及医药生物技术为三个主要研究方向，从蛋白质及基因水平研究肿瘤、肝病的发病机制及防治措施，建立新型生物治疗技术，开发基因工程药物。

实验室的奋斗目标是引领国内天然免疫研究，力争筹建“天然免疫与慢性复杂疾病”国家重点实验室，在慢性疾病的天然免疫研究中占领国际领先地位。